• Etajul montan inferior (450 – 700 metri altitudine), reprezentat prin făgete pure sau arborete de fag în amestec cu alte esențe foioase. Acest sub-etaj a fost în mare măsură fragmentat de așezările omenești, care s-au stabilit la periferia masivului;
• Etajul montan mijlociu (700 – 1200 metri altitudine) este constituit din păduri de amestec, foioase și rășinoase. Se remarcă aici abundența bradului;
• Etajul montan superior (1200 – 1700 metri altitudine), respectiv etajul molidișurilor;
• Etajul subalpin, dezvoltat deasupra limitei pădurii, în particular pe pantele Ceahlăului, dominat de jneapăn și pajiști. Pe cuprinsul zonei forestiere se află goluri de munte, respectiv pajiști secundare instalate după defrișarea vegetației lemnoase, care conferă un anumit grad de heterogenitate vegetației masivului. Vegetația ierboasă azonală mai este prezentă pe abrubturile și povârnișurile stâncoase. Vegetația lemnoasă azonală există în principal în lungul pâraielor și este reprezentată mai ales de sălcii și arini.

Parcul Naţional Ceahlău face parte dintr-o mare regiune carpatică cu endemite floristice: Carpații Estici Centrali (cu Munții Svydovets, Chornohora, Chyvchyn, Maramureș, Rodna, Țibleș, Călimani, Rarău, Ceahlău și Hășmaș – Cheile Bicazului).

Vegetația Masivului Ceahlău este foarte variată, cu o evidentă notă de originalitate. O importanță științifică deosebită o are vegetația stâncăriilor, multe dintre grupările instalate pe polițe, brâne, pe substrat calcaros sau conglomerate, fiind endemice.

Flora vasculară spontană a Masivului Ceahlău cuprinde un număr de 1144 specii, 62 subspecii şi 18 hibrizi, în total 1224 taxoni. Aceasta reprezintă 68,3% din flora spontană a judeţului Neamţ (ce cuprinde 1675 de specii, după T. Chifu şi colab., 1987) şi 34,70% din flora vasculară a României (adică 3297 de specii, după V. Ciocârlan, 2000). Dintre acestea, 61 de specii sunt protejate, fiind endemite (localizate), specii rare, relicte ale erei glaciare.

Speciile Leontopodium alpinum, Cypripedium calceolus, Gentiana lutea, Taxus baccata şi Larix decidua ssp. carpatica sunt declarate monumente ale naturii. Obiectivul primar al desemnării ca monument al naturii este conservarea biodiversităţii şi habitatelor asociate monumentelor. Monumentele naturale sunt elemente vizibile, pot fi ușor individualizate și pot genera impact emoțional care oferă un stimulent pentru protecţie şi o oportunitate pentru o educaţie de mediu și culturală.De remarcat este prezența în masiv, la aproximativ 1.400 m altitudine, a rezervației botanice Polița cu Crini, care reprezintă un arborete natural de Larix decidua ssp. carpatica, ocrotită în mod deosebit în acest masiv. Raritatea acestor arborete naturale pe teritoriul țării noastre, frumusețea lor, care le conferă o mare valoare decorativă, lemnul prețios, au pus în pericol existența acestei specii, determinând declararea acestui areal ca rezervație botanică din anul 1941.