Habitatul este ansamblul condițiilor fizice și al relațiilor directe și indirecte pe care speciile le dezvoltă între ele, care formează mediul de viață corespunzător pentru o specie sau pentru un grup de specii. Mai concret, pentru ca o specie de plantă să se poată dezvolta, aceasta are nevoie de o anumită compoziție fizică și chimică a solului, de o anumită calitate a aerului, de un anumit tip de variație sezonieră a temperaturilor etc. De exemplu, pentru un animal, habitatul cuprinde pe lângă componentele fizico-chimice și prezența anumitor specii vegetale sau a unor asociații de specii vegetale.

Pe teritoriul ariei naturale protejate au fost identificate 13 tipuri de habitate, dintre care se evidențiază următoarele:

• Păduri dacice de fag (Symphyto – Fagion). Acesta este habitatul care ocupă cea mai mare suprafață din teritoriul parcului național. Este vorba de păduri de fag și de păduri de amestec (fag plus diferite specii de conifere), aflate în general la altitudini cuprinse între 800 și 1.200 de metri. Habitatul se dezvoltă pe un sol neutru, bazic sau slab acid și cuprinde, pe lângă arborii menționați, o mare varietate de plante. Caracteristice, pe langă fag, sunt două specii vegetale ierboase: brusturele negru (Symphytum cordatum) și mierea ursului roşie (Pulmonaria officinalis).
• Păduri acidofile de Picea abies din regiunea montană (Vaccinio – Piceetea) – este al doilea habitat ca pondere în suprafața parcului național. Habitatul este poziționat, în general, la altitudini cuprinse între 1.200 și 1.800 de metri, și se dezvoltă pe soluri acide de culoare roșcată. Molidul (Picea abies) este specia dominantă, dar mai apare și bradul alb (Abies alba), de regulă la altitudini mai mici. Stratul ierbos este compus din specii iubitoare de sol acid, de exemplu, degetăruțul (Soldanella hungarica) sau măcrișul iepurelui (Oxalis acetosella).
• Fânețe montane – sunt pajiști secundare (care au apărut în urma defrișărilor) și se situează pe un interval de altitudini larg, între 650 și 1.600 m. Acestea sunt caracterizate printr-o floră ierboasă variată, în care predomină asociaţia vegetală păiuș roșu (Festuco rubrae) – iarba-câmpului (Agrostetum capillaris).

Cele trei habitate menționate mai sus acoperă peste 90% din suprafața Parcului Național Ceahlău. Totuși, importanța habitatelor nu rezultă doar din suprafața pe care acestea o ocupă. Există habitate care, deși ocupă arii relativ mici, au o importanță foarte mare pentru biodiversitate și, prin urmare, trebuie avute în vedere atunci când se stabilesc măsurile de conservare. Următoarele trei habitate sunt foarte valoroase, având statutul de habitate prioritare:

• Tufărișuri de Pinus mugo și Rhododendron myrtifolium. Este un habitat specific etajului subalpin care ocupă zona superioară a Parcului Național Ceahlău (altitudini peste 1.600 de metri). Aici zonele acoperite cu jneapăn (Pinus mugo) alternează cu cele unde se dezvoltă afinul (Vaccinium myrtillus) și ienupărul pitic (Juniperetum sibiricae).
• Comunități rupicole calcifile sau pajiști bazifite din Alysso-Sedion albi. Acestea sunt reprezentate prin zone unde plante ierboase specifice cresc pe suporturi stâncoase. Tipică pentru Parcul Național Ceahlău este asociația vegetală Artemisia eriantha – Gypsophila petraea.
• Păduri aluviale cu Alnus glutinosa și Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salcion albae). Acestea sunt zonele aflate pe malurile apelor curgătoare, populate predominant cu arin negru (Alnus glutinosa) și frasin comun (Fraxinus excelsior). Pe lângă arbori, se dezvoltă o varietate de specii de arbuști și de plante ierboase.